普外科專業于1989年成立，由我國小兒外科創始人、小兒外科唯一的中國工程院院士張金哲教授最先創建和指導發展起來的，臨床治療水平一直處于全國前列，并開創了許多適合中國國情的治療方法、方式。現有專業醫護人員46人，其中醫師20人，護士26人，高級職稱7名，教授1名，博士生導師1名。平均年門診量10000人次，開放病床50張，平均年手術例數2200例。

◆ 主要研究方向：

1.膽道閉鎖的診治;

2.先天性肛門直腸畸形的診治;

3.急腹癥的診治。

◆ 取得的成績：

1.科研課題

近年來承擔國家自然科學基金、北京市醫院管理局“揚帆計劃”臨床技術創新等局級以上課題4項，累計經費達100余萬元。

2.成果專利

陳亞軍教授團隊以第一完成單位，獲批宋慶齡兒科醫學獎。

3.論文發表

已在《World Journal of Gastroenterology》、《Journal of Pediatric Surgery》、《Pediatric Surgery International》等國際學術期刊及《中華小兒外科雜志》、《中華實用兒科臨床雜志》、《國際外科學雜志》等中華系列雜志或統計源核心期刊發表發表學術論文30余篇。

4.科研平臺

2011年獲批衛生部“國家臨床重點專科”。

5.人才隊伍

學科帶頭人陳亞軍，現任首都醫科大學附屬北京兒童醫院普外科主任，中華醫學會小兒外科學分會肛腸學組副組長，北京兒童醫院集團普外科學科帶頭人,《中華小兒外科雜志》、《中華實用兒科臨床雜志》、《臨床小兒外科雜志》等專業雜志編委等。

主要學術帶頭人張廷沖、王大勇等在中華醫學會小兒外科分會肝膽學組、北京醫師協會小兒外科分會等學會/協會任重要學術任職。