首都醫(yī)科大學(xué)兒科學(xué)系于2002年建立，以國(guó)家兒童醫(yī)學(xué)中心—首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京兒童醫(yī)院為依托，整合北京友誼醫(yī)院、北京宣武醫(yī)院、北京天壇醫(yī)院、北京朝陽醫(yī)院、北京安貞醫(yī)院、北京同仁醫(yī)院等30余家臨床資源進(jìn)行兒科學(xué)科建設(shè)和高級(jí)兒科醫(yī)學(xué)人才培養(yǎng)的綜合平臺(tái)，是全國(guó)特別是北京市兒童疾病的診療基地，以求進(jìn)一步完善兒童醫(yī)療衛(wèi)生服務(wù)體系建設(shè)，提高兒科醫(yī)療服務(wù)能力，縮小區(qū)域間醫(yī)療技術(shù)水平差距，促進(jìn)醫(yī)療資源合理分布和均衡發(fā)展。學(xué)系擁有國(guó)家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心、兒科重癥、小兒呼吸、中西醫(yī)結(jié)合兒科、小兒外科和臨床護(hù)理5個(gè)國(guó)家臨床重點(diǎn)專科建設(shè)項(xiàng)目;兒童血液病與腫瘤分子分型、兒童耳鼻咽喉頭頸外科疾病、兒童呼吸道感染性疾病、兒童慢性腎臟病與血液凈化、出生缺陷遺傳學(xué)研究5個(gè)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;北京市兒童外科矯形器具工程技術(shù)研究中心、小兒先天性心臟病治療中心、小兒實(shí)體瘤治療中心、兒童睡眠疾病中心等16個(gè)市級(jí)醫(yī)療中心。此外擁有小兒血液中心、小兒急救中心、小兒普外專業(yè)、中醫(yī)脾胃專業(yè)、小兒脊柱中心、小兒先心病治療中心、兒童青少年糖尿病中心、兒童睡眠疾病中心、兒童放射會(huì)診中心、小兒泌尿外科中心、小兒實(shí)體瘤治療中心、小兒外科內(nèi)鏡治療中心、小兒血液凈化中心、兒科疑難病會(huì)診中心、兒童鉛中毒防治中心、兒童醫(yī)學(xué)影像中心、兒童心血管病中心等18個(gè)臨床診療中心;“兒童重大疾病國(guó)際科技合作基地”示范基地;2017年獲批國(guó)家兒童醫(yī)學(xué)中心(北京)。擁有中國(guó)現(xiàn)代兒科醫(yī)學(xué)奠基人諸福棠、小兒白血病專業(yè)學(xué)科帶頭人胡亞美、中國(guó)小兒外科創(chuàng)始人之一張金哲等國(guó)內(nèi)兒科界僅有的三位院士，以及突出貢獻(xiàn)專家6人，享受國(guó)務(wù)院政府特殊津貼人員10人，新世紀(jì)百千萬人才工程國(guó)家級(jí)人選1人，國(guó)家杰出青年科學(xué)基金獲得者1人，并有34人次先后入選“十百千”人才資助?，F(xiàn)有教授、副教授98人，博、碩士研究生導(dǎo)師90人，承擔(dān)著博士、碩士研究生、長(zhǎng)學(xué)制兒科專業(yè)、護(hù)理大專及繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育等多層次教學(xué)任務(wù)，并設(shè)有博士后流動(dòng)站，每年為社會(huì)輸送大量?jī)?yōu)秀兒科人才。

兒科學(xué)系在全國(guó)兒科界中占有很高的地位，67位專家在中華醫(yī)學(xué)會(huì)兒科學(xué)會(huì)、中華醫(yī)學(xué)會(huì)小兒外科學(xué)會(huì)、中華醫(yī)學(xué)會(huì)急診?？莆瘑T會(huì)、中華醫(yī)學(xué)會(huì)北京分會(huì)兒科專科委員會(huì)、中華醫(yī)學(xué)會(huì)北京急診醫(yī)學(xué)會(huì)、高等醫(yī)學(xué)教育學(xué)會(huì)兒科醫(yī)學(xué)教育分會(huì)、全國(guó)兒科主治醫(yī)師資格考試委員會(huì)、北京市住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)兒科、兒外科?？莆瘑T會(huì)等兒科學(xué)術(shù)團(tuán)體任主任委員或副主任委員。在國(guó)際兒科界也有著廣泛聯(lián)系及重要影響，張金哲、江載芳、申昆玲等專家在國(guó)際兒科學(xué)會(huì)、太平洋地區(qū)小兒外科學(xué)會(huì)、亞洲小兒外科學(xué)會(huì)、亞洲兒科學(xué)會(huì)等國(guó)際學(xué)術(shù)團(tuán)體中擔(dān)任負(fù)責(zé)人。2014-2016年共承擔(dān)國(guó)家級(jí)項(xiàng)目54項(xiàng)，其中國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目41項(xiàng)，發(fā)表SCI文章222篇，3年來獲批科研經(jīng)費(fèi)8798.51萬元，獲發(fā)明專利14項(xiàng)，出版專著34部。