首都醫科大學兒科學系于2002年建立，依托全國最大的兒科綜合醫院——北京兒童醫院，整合首都醫科大學各附屬醫院的兒科(北京友誼醫院、北京宣武醫院、北京天壇醫院、北京朝陽醫院、北京安貞醫院、北京同仁醫院)臨床資源進行兒科學科建設和高級兒科醫學人才培養的綜合平臺，是全國特別是北京市兒童疾病的診療基地。學系有小兒血液中心、小兒急救中心、小兒普外專業、中醫脾胃專業等4個北京市重點學科及小兒脊柱中心、小兒先心病治療中心、兒童青少年糖尿病中心、兒童睡眠疾病中心、兒童放射會診中心、小兒泌尿外科中心、小兒實體瘤治療中心、小兒外科內鏡治療中心、小兒血液凈化中心、兒科疑難病會診中心、兒童鉛中毒防治中心、兒童醫學影像中心、兒童心血管病中心等14個臨床診療中心。學系設有兒科研究所1個，共有微生物免疫研究室、病毒研究室等11個基礎研究室;擁有我國兒科界僅有的兩位中國工程院院士——胡亞美、張金哲教授和江載芳、潘少川、李仲智、楊永弘等國內外著名兒科專家;共有博士導師11名，碩士導師34名;高級職稱醫務人員192名;承擔兒科學博士后、研究生(博士、碩士)、本科生(5年制和7年制)等多層次兒科醫學教育。

兒科學系在全國兒科界中占有很高的地位，67名專家在中華醫學會兒科學會、中華醫學會小兒外科學會、中華醫學會急診專科委員會、中華醫學會北京分會兒科專科委員會、中華醫學會北京急診醫學會、高等醫學教育學會兒科醫學教育分會、全國兒科主治醫師資格考試委員會等45個兒科學術團體任主任委員或副主任委員;在國際兒科界也有著廣泛聯系及重要影響，張金哲、江載芳等專家在國際兒科學會、太平洋地區小兒外科學會、亞洲小兒外科學會、亞洲兒科學會等國際學術團體中擔任負責人;2001-2005年共承擔國家級和市級科研項目78項，其中國家“十五” 攻關項目3項，“十五” 攻關合作項目3項，國家自然基金5項，北京市自然基金7項;4年來獲得科研成果10余項，其中國家級獎3項，省部級獎13項;出版專著23部，在國內外刊物上公開發表論文800余篇。胡亞美、江載芳、張金哲、楊永弘等教授還多次獲得國際重大醫學獎項。