北京兒童醫院病理科成立于1955年，是在我國現代兒科醫學奠基人、北京兒童醫院第一任院長諸福棠院士倡議下，由國內知名兒科病理醫生李佩娟教授創建，是國內兒童專科醫院中最早成立的病理科。具有業務范圍廣、標本量大、病種雜、疑難病例多、經驗豐富、診斷水平高的特點，在國內兒童病理診斷方面享有較高的知名度。

多年來，病理科從初期的僅有2名工作人員發展為在編醫技人員14人(其中主任醫師1人，副主任醫師1人，其它醫技人員12人)，從早期1臺切片機加1部顯微鏡發展到現在擁有全封閉自動脫水機、全自動包埋機、全自動染色機、全自動免疫組化染色機、人手一臺的高分辨顯微鏡、5人共覽顯微鏡、LED光源高級顯微鏡、電子透射顯微鏡等許多先進的儀器設備，為臨床病理診斷的順利開展提供重要支撐。

病理科實行科主任負責制，在學科帶頭人何樂健主任醫師領導下，科內下設病理診斷、常規病理技術、免疫組化、電子顯微鏡、神經肌肉共5個實驗室，開展的項目有常規活體組織病理診斷、尸體解剖、術中快速冰凍病理診斷、免疫病理診斷及電鏡病理診斷。

病理科自成立以來，一直承擔著醫院臨床病理的教學、醫療、科研和人才培養等工作。至2013年，累計活體組織病理診斷13萬例、尸體解剖近萬例、電鏡病理診斷八千例，疑難病理會診五千例，工作量位于全國兒童醫院病理科首位。具有業務范圍廣、標本量大、病種雜、疑難病例多、經驗豐富、診斷水平高的特點，在國內兒童病理診斷方面享有較高的知名度，并形成自己的特色和優勢，如兒童軟組織腫瘤、淋巴造血系統腫瘤、泌尿生殖系統腫瘤、腎臟穿刺、兒童間質性肺疾病。

自1982年被國務院學位辦批準為病理學專業碩士學位授予點以來，病理科共培養碩士研究生10名，協助臨床專業培養碩士及博士研究生30余名，主編、副主編專著1部，參加編寫專著5部，在國內外雜志發表論文近百篇，獲得北京市衛生局科技進步獎3項。在醫療改革深化的過程中，病理科將不斷開展新技術、新項目，為患兒提供更加優質的服務。