泌尿外科于1972年在國內小兒泌尿外科創始人黃澄如教授的帶領下組建，是國內最早的小兒泌尿外科專業，床位由最初的11張擴大到60余張，年手術量約2800余例，但仍遠遠不能滿足大量病人住院需求，大部分病人來自外省市，多數為疑難重癥。2002年1月成立北京市小兒泌尿中心。專業隊伍技術力量雄厚：現有主任醫師5人，副主任醫師8人,主治醫師2人，住院醫師6人。多位專家擔任中華醫學會學術職務，孫寧教授、張濰平教授曾先后任中華醫學會小兒外科分會主任委員，黃澄如、孫寧、張濰平教授曾先后任小兒外科分會泌尿外科學組組長，宋宏程副教授任小兒外科分會泌尿外科學組副組長，李明磊、宋宏程副教授曾任中華醫學會小兒外科分會青年委員會副主任委員。博士研究生導師2人，碩士研究生導師4人，孫寧教授擔任外科教研室主任，張濰平教授為泌尿外科主任，宋宏程副教授為泌尿外科副主任。

經過多年的經驗積累，各種小兒泌尿生殖系疾病的診斷和治療達到國內領先、國際先進水平。其中泌尿生殖系畸形中尿道下裂個體化治療積累上萬例經驗，一期手術修復成功率達80%以上，且外形美觀;先天性腎積水腎盂輸尿管吻合手術成功率95%以上。泌尿生殖系腫瘤中各種腎臟腫瘤病理類型的診治積累了豐富的臨床經驗，其中腎母細胞瘤經手術、化療及放療等一系列綜合治療長期生存率90%以上;橫紋肌肉瘤及睪丸腫瘤也取得滿意效果。泌尿生殖系創傷中外傷性后尿道斷裂急癥經會陰入路一期手術修復后尿道，明顯縮短病程、減少并發癥，陳舊性外傷性后尿道狹窄與閉鎖經會陰修復或會陰聯合恥骨入路修復積累了豐富經驗，腎臟外傷特別是腎盂輸尿管交接部斷裂的診治達國際領先水平。神經性膀胱功能障礙：根據尿流動力學改變選擇適當治療，清潔間歇導尿和可控性尿流改道在保護患兒腎功能前提下獲得排尿控制、提高生活質量。熟練應用腹腔鏡微創手術：用于腎盂輸尿管連接部梗阻、氣膀胱手術、重復腎半腎切除、觸摸不到的隱睪、精索靜脈曲張、腎切除、前列腺囊切除等，使損傷減小、病程縮短、早期恢復正常活動。

積極開展科研指導臨床是小兒泌尿外科的另一特色。尿道下裂病因學研究、包皮血液供應的解剖學研究、尿道下裂修復手術的臨床研究、腎腫瘤病理組織類型、橫紋肌肉瘤多藥耐藥性的研究、神經源性膀胱等下尿路梗阻尿動力學研究等對推動上述臨床工作發展和水平提高發揮了重要作用。

北京兒童醫院小兒泌尿外科注重開展國內外學術交流，同時是國內小兒泌尿外科專科醫師培訓基地。近些年在包括美國新英格蘭雜志在內的國內外核心期刊發表論文350余篇。多次獲得北京市和北京市衛生局科技進步獎。已完成或正在完成首都醫學發展基金、衛生部重點支撐項目、跨世紀人才工程和十百千工程等多項科研項目。2012年獲得國家自然科學基金支持，對尿道下裂的病因學進行了深入的研究。近年來獲得專利近10項。1996年主編出版了國內第一部小兒泌尿外科專著《小兒泌尿外科學》，2006年出版《實用小兒泌尿外科學》，撰寫黃家駟《外科學》、吳階平《泌尿外科學》、張金哲《小兒外科學》等多部外科學專著中小兒泌尿外科章節。