呼吸二科負責各種呼吸系統疾病和非傳染性肺結核病的診治和研究，科室創始人江載芳教授為我國著名的兒科專家，是我國兒內科主要創始人之一。

學本科室具有雄厚的醫療、科研和教學實力，全體醫生均為碩士以上學歷，博士占90%。

本科室對兒童各種呼吸系統疾病的診治有深入的研究和豐富的臨床經驗，在呼吸系統疑難及少見病的診治方面尤為突出，如反復呼吸道感染、反復喘息和反復咳嗽、各種難治性和反復肺炎、難治性和重癥哮喘、不明原因咯血和肺泡出血、間質性肺炎、胸腔積液、支氣管擴張閉塞性細支氣管炎、先天性和后天性氣道狹窄、氣道腫瘤、吸入性肺部疾病、肺動脈高壓以及肺血管、淋巴管畸形、免疫缺陷病引起的肺部損傷以及其他系統疾病的肺部表現等等，受到國內外同行和家長肯定，病人來自全國各地。對常見呼吸疾病的深度和精準診治也處于國內領先水平，主要執筆和參與了我國多部兒童常見呼吸系統疾病指南的制定，參與和主編多種兒童呼吸疾病和結核病著作，如諸福棠實用兒科學、實用小兒呼吸病學、實用小兒結核病學等。對兒童肺結核的診治國內領先，制定了全國兒童結核病診治規范。

本科室除完成病房和門診以及教學工作，注重科學研究，主要研究方向包括反復肺炎的診治、支氣管擴張的病因診斷、先天性和后天性疾病的氣道疾病介入治療、5歲以下兒童哮喘的診治和早期預測、閉塞性細支氣管炎的個體化診治、囊性纖維化和免疫缺陷病的長期治療、兒童重癥肺結核的診治、肺間質性疾病的病因診斷和長期治療、肺泡出血綜合征的病因診斷和長期治療，以及其他疑難少見病的診治。獲得衛健委、國家自然科學基金、北京自然科學基金、市醫管局等多種基金資助。